初学linux系统管理3

在多台linux主机上执行相同的命令
By tianjing on 2011 年 06 月 05 日

有时候我们需要在若干台linux主机上执行相同的命令，或者安装相同的软件，可以使用如下两种方法:

实验环境，有9台RHEL5.5_x64的主机，host表如下：

test-1        10.9.1.1

test-2         10.9.1.2

test-3        10.9.1.3

test-4         10.9.1.4

test-5         10.9.1.5

test-6         10.9.1.6

test-7          10.9.1.7

test-8          10.9.1.8

test-login      10.10.1.1

其中test-login为登陆节点，test-login到其他8台主机的ssh信任连接已经建立。

方法一：

for  i  in  {1..8}; do ssh test-$i ‘hostname; mkdir –p /root/test’; done

如果ssh后面有多条命令要在远程主机上执行，必须用引号把所有的命令括起来，否则只会有第一条命令在远程主机上执行。

方法二：

安装tentakel, tentakel是一个可以在多台linux主机上执行相同命令的脚本。

下载tentakel-2.2.tgz，解压后make && make install

配制tentakel，把tentakel.conf.simple拷贝为/etc/tentakel.conf,编辑该配置文件：

# first section: global parameters
set ssh_path="/usr/bin/ssh"                  //设置ssh的路径
set method="ssh"                                //设置命令使用的方法，先ssh到目标主机，然后执行相关的命令
#set user="root"        # 设置ssh时使用的帐号，如果不指定，用户为使用tentakel的帐号
#set format="%d %o\n"
#set maxparallel="3"    # run at most 3 commands in parallel

# second section: groups
group default ()                            //默认的组，也可以使用-g参数指定不同的主机组
        @test

group test ()
        +test-1
        +test-2
        +test-3
        +test-4
        +test-5
        +test-6
        +test-7
        +test-8

group test-login ()
        +test-login

group all ()
        @test
        @test-login

上面这个配制文件定义了三个主机组，@test包括了test1-test8这8台节点，@test-login包括了test-login这台节点，@all包括了@test和@test-login这两个主机组，共9台节点。同时定义了默认主机组为@test。

常用的参数：

tentakel –l   列出可用的主机组

tentakel –g groupname‘command’在groupname上执行command，command要用引号引起来。

配置完成以后发现报错：

tentakel –g test  ‘hostname’
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/tentakel", line 42, in ?
    import lekatnet.error as error
ImportError: No module named lekatnet.error

原因是没有拷贝lekatnet文件:cp -r py/lekatnet/ /usr/lib/python2.4/site-packages/

tentakel –g test ‘mkdir –p /root/test’

sun grid engine简单使用
1. 安装sge

安装master节点：

安装执行主机：

1.配置主机的host表。

2.把要安装的目标主机添加为管理主机: qconf –ah hkdev-4

3.在目标节点上新建sgeadmin用户，拷贝整个安装包到目标主机

4.配置service 端口：

   Vim /etc/service添加两行：

   sge_qmaster  50001/tcp
   sge_execd    50002/tcp

5. 把头节点的/opt/gridengine拷贝到计算节点，运行./install_execd，默认安装即可。

6. 设置环境变量vim /etc/profile.d/sge.sh

SGE_ROOT=/home/sgeadmin/sgeroot; export SGE_ROOT

ARCH=`$SGE_ROOT/util/arch`
DEFAULTMANPATH=`$SGE_ROOT/util/arch -m`
MANTYPE=`$SGE_ROOT/util/arch -mt`

SGE_CELL=sgetest; export SGE_CELL
SGE_CLUSTER_NAME=p50001; export SGE_CLUSTER_NAME
unset SGE_QMASTER_PORT
unset SGE_EXECD_PORT

if [ "$MANPATH" = "" ]; then
   MANPATH=$DEFAULTMANPATH
fi
MANPATH=$SGE_ROOT/$MANTYPE:$MANPATH; export MANPATH

PATH=$SGE_ROOT/bin/$ARCH:$PATH; export PATH
# library path setting required only for architectures where RUNPATH is not supported
case $ARCH in
sol*|lx*|hp11-64)
   ;;
*)
   shlib_path_name=`$SGE_ROOT/util/arch -lib`
   old_value=`eval echo ‘$’$shlib_path_name`
   if [ x$old_value = x ]; then
      eval $shlib_path_name=$SGE_ROOT/lib/$ARCH
   else
      eval $shlib_path_name=$SGE_ROOT/lib/$ARCH:$old_value
   fi
   export $shlib_path_name
   unset shlib_path_name old_value
   ;;
esac
unset ARCH DEFAULTMANPATH MANTYPE

注意：1.sge整个安装包的用户和组权限应该是sgeadmin，sge目录应该保证其他用户可读。

        2.要求关闭防火墙或者打开端口，我选择了关闭防火墙

2.添加队列：

新建一个队列hiseq.q：

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -aq hiseq.q   //队列名

qname                 hiseq.q   //队列名
hostlist              @hiseqhosts  //主机组，定义这个队列中包含的所有主机
seq_no                0

…

slot                    100                      //可以使用的资源

…

notify                00:00:60
owner_list            NONE
user_lists            dms                //用户列表，这个列表中的用户允许使用该队列，其他的用户不允许使用该队列
xuser_lists           NONE

qconf –sql 可以查看所有的队列

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -sql
all.q
hiseq.q
prs.q

qconf –sq  队列名  可以查看某一个队列的配置信息

定义@hiseqhosts主机组：

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -mhgrp @hiseqhosts

group_name @hiseqhosts
hostlist hkdev-1.genomics.org.cn hkdev-2.genomics.org.cn\          //多个主机需要换行时需要加”\”

hkdev-3.genomics.org.cn

qconf –shgrpl 可以查看所有的主机组

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -shgrpl           
@allhosts
@hiseqhosts
@prshosts

qconf –shgrp 组名   可以查看某个主机组信息

定义用户列表 dms：

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -mu dms         

name    dms        //用户组名称
type    ACL DEPT
fshare  0
oticket 0
entries dms             //该用户组中的用户，多个用户用逗号隔开

qconf  -sul  可以查看所有的用户组

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -sul           
arusers
deadlineusers
defaultdepartment
dms
prs
test

qconf  -su  用户组名   可以查看某个用户组的信息

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -su prs
name    prs
type    ACL DEPT
fshare  0
oticket 0
entries prs

注 ：要使用sge，必须在每个节点上都建立同一个帐号，相同的uid和gid

查看队列中主机的情况：

qselect –q  队列名称

[root@hkdevlogin-1 ~]# qselect -q hiseq.q  
hiseq.q@hkdev-2.genomics.org.cn
hiseq.q@hkdev-1.genomics.org.cn
hiseq.q@hkdev-3.genomics.org.cn

3. qstat使用：

qstat –f

qstat –explain

qstat –j jobid

4. qmod使用：

qmod –cq  队列名

qmod －cj  job名

5. 修改默认shell

   [root@hkdevlogin-1 ~]# qconf –mconf                 //编辑sge的配置文件

   login_shells                 bash,sh,ksh,csh,tcsh          //把默认shell改为bash

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -mq all.q                   //编辑队列配置文件

shell                 /bin/bash                                      //把默认的shell改为bash

6. 限制单个计算节点可以使用的资源

[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -me hkdev-1

hostname              hkdev-1.genomics.org.cn
load_scaling          NONE
complex_values        slots=24,virtual_total=32G             //这个值不设置的话默认可以使用的值为无限大，任务较多的时候容易把节点跑死掉。
user_lists            NONE
xuser_lists           NONE
projects              NONE
xprojects             NONE
usage_scaling         NONE
report_variables      NONE

7. sge简单使用

qsub –cwd –l vf=1G –q common.q –l h=compute-0-0 test.sh

test.sh:

#!/bin/bash

#$ –S /bin/bash

sleep 100;

8. 启用-l vf参数

[root@qcs script]# qconf –mc

#name               shortcut   type        relop requestable consumable default  urgency
#—————————————————————————————-

virtual_free        vf         MEMORY      <=    YES         YES        0        0
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