SomamiR数据库有什么用

这篇文章主要介绍了SomamiR数据库有什么用，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

miRNA可以与多找RNA分子进行结合，从而在ceRNA调控网络中发挥重要作用。ceRNA作为一种细胞内源性的调控机制，当miRNA的结合发生异常时，其调控功能也随着收到影响，从而可能导致疾病的发生。

对于肿瘤这类复杂疾病，科学家们尝试从基因组，转录组等多个组学，不同层次去分析和挖掘有效信息。在基因组层面，包括了以体细胞突变为主体的多种基因组变异研究，在转录组层面，包括以ceRNA调控网络为制高点的多项分析内容。由于生命活动的复杂性，单一组学能够解释的信息有限，将多组学数据联合起来分析，从各个层面和角度去解读实验现象，是未来研究的趋势。

SomamiR数据库的开发者基于miRNA结合位点的基因组变异可能对ceRNA调控网络造成影响的思想，从而将基因组变异和转录组数据联系起来。该数据库收集整理了各种肿瘤的体细胞突变位点，这些位点位于miRNA上或者miRNA结合位点区域，可能会对miRNA与靶标分子的结合构成影响，数据库网址如下

http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/

正如下图所示，我们可以从六个方面来检索和查看该数据库中的信息

对于肿瘤相关的体细胞突变位点，可以简单分成两类，第一类位点直接位于miRNA上，第二类位点位于miRNA结合位点区域，对于这第二类，根据miRNA结合区域分析的方法，又细分成三个小类，分别是通过CLASH实验手段验证过的miRNA结合区域；通过RAP-CLIP,HIS-CLIP实验手段验证的miRNA结合区域和通过软件预测的miRNA结合区域。以上这些对应上图中左侧所示的四个方框。

以直接位于miRNA基因区域的体细胞突变位点为例，检索框如下

可以选择对应的肿瘤类型，检索结果示意如下

第二类位点的检索方式是一样的，只不过对于不同的检测方法，展示的具体信息稍有差别，以CLASH为例，示意如下

会给出CLASH数据分析得到的miRNA结合位点，和位于该区域内的体细胞突变的详细信息。

除了直接提供肿瘤相关的体细胞突变位点外，为了更好的研究其功能，还提供了对应的这些突变位点所在基因参与的pathway信息，示意如下

同时还从文献中收集整理了增加患病风险的突变位点信息， 结果示意如下

该数据库将基因组变异和转录组联系起来的分析思路值得我们借鉴。

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